Le collezioni di Geologia del Museo delle Scienze comprendono circa 17.000 reperti, costituiti da minerali, rocce e fossili. Il nucleo più antico delle collezioni è tardo-settecentesco, mentre gran parte delle acquisizioni è avvenuta tra i primi del ‘900 e gli anni ’60 del secolo scorso; a questi si aggiungono i reperti frutto di recenti acquisizioni dovute a specifiche campagne di ricerca, donazioni da parte di collezionisti e acquisti finalizzati alla realizzazione degli apparati espositivi del Museo. Le collezioni geologiche sono così suddivise: Collezione mineralogica (circa 5500 campioni), che al suo interno comprende una cospicua sezione dedicata alla campionatura dei siti minerari; Collezione paleontologica (circa 7500 campioni); Collezione petrografica (circa 4000 campioni).