Le collezioni archeologiche custodite al MUSE si riferiscono a materiali litici (selce), ceramici, manufatti in osso e corno, decorativo ornamentali, oggetti d’arte in pietra, legno, fibre vegetali, oggetti metallici, faune (resti di pasto) e resti antropologici. La sezione di preistoria gestisce circa 200 collezioni, che comprendono reperti provenienti da siti paleolitici, mesolitici, neolitici, dell’età del rame, bronzo, ferro, fino alle soglie della romanizzazione.